Prijepolje preseca dolina Lima pravcem jugoistok - severozapad, sa kojom se povezuje veći broj manjih reka. Na dodiru reka Lima i Mileševke, sa njihove desne strane, na prostorima rečnih terasa i aluvijalnih ravni razvilo se staro Prijepolje. Prijepolje i njegova okolina su aktivno povezani sa susednim mestima Crne Gore i Srbije. Južno od Prijepolja, dolinom Lima put ide prema Bijelom Polju, udaljenom oko 55 km i dalje Mojkovcu, Kolašinu, Podgorici i Baru, a severno od Prijepolja prema Bistrici udaljenoj 10 km, gde se put račva u dva smera, jedan prema Novoj Varoši udaljenoj od Prijepolja oko 27 km i drugi prema Priboju udaljenom oko 30 km, koji dalje preko planine Zlatibor ide prema Užicu, Požegi, Kosjeriću, Valjevu, Beogradu i drugim mestima. Zapadno od Prijepolja put vodi dolinom Seljašnice preko planinske visoravni Jabuke prema Pljevljima udaljenim oko 30 km, a istočno od Prijepolja dolinom Mileševke i planine Jadovnik prema Sjenici, udaljenoj oko 30 km i dalje prema Novom Pazaru, Prištini i Skoplju.

Prijepolje se smestilo na dodiru maritimnih i kontinentalnih vazdušnih masa. Od mora je vazdušnom linijom udaljeno 140 km, a od Panonske nizije 160 km. Međutim, između Jadranskog mora i Panonske nizije isprečili su se visoki planinski venci čija visina mestimično prelazi i preko 2500 m. Oni sprečavaju dublje prodiranje kontinentalnih i maritimnih uticaja na prostoru prijepoljskog kraja. Stoga se Prijepolje može ubrajati u gradove sa umerenom - kontinentalnom klimom koja je znatno modifikovana reljefnim uticajem. Središnja godišna temperatura je oko 9,3°C. Srednje najniže temperature vazduha su u januaru oko -2,8°C, dok su srednje najviše u julu sa oko 19,1°C. Srednja godišnja količina atmosferskih padavina u Prijepolju iznosi oko 789,5 mm/m² površine. Međutim, za vegetaciju je mnogo značajniji raspored kiša po mesecima, intezitetu i gustini padavina. Najveća količina padavina se izluči tokom leta i jeseni a najmanja tokom zime i proleća... Lim je najveća reka Prijepoljskog kraja te su svi manji vodeni tokovi upravljeni prema njemu. On ima odlike kompozitne doline jer se u njoj između Bijelopoljske i Pribojske kotline, naizmenično smenjuju klisure sa rečnim proširenjima - kotlinama. Sa leve strane u Lim se ulivaju Gostunska, Slatinska, Komaranska reka, Gračanica, Mioska, Ratajska, Seljašnica i Ljupča a s desne Grobnička, Stranjanska, Dubočica, Kruševica, Ribnjak, Zebuđa, Mileševka i Bistrica. Najveći broj istih ima bujični karakter ...